Il nucleo storico delle costruzioni sembra sia sorto con il castello dei Gandolfi. Viene citato per la prima volta in un documento del 1244, in cui si parla di un Palazzo e di una Curia appartenenti ai fratelli Simone e Paolo de Candulphis. Con l'acquisizione della Santa Sede, il borgo cambia radicalmente aspetto: sopra i resti della rocca, tra il 1624 e il 1629, viene edificato il Palazzo su progetto di Carlo Maderno dapprima, poi di B. Breccioli e di D. Castelli.
L'edificio verrà ampliato e restaurato piu volte, prima da Alessandro VII (1655-1667), che fu il primo pontefice ad abitare il palazzo, con la costruzione della facciata principale e del braccio ovest del palazzo, sotto Benedetto XIV (1740 – 1758) fu decorata la galleria principale, opera del Bernini, da Pier Leone Ghezzi con vedute dei Colli Albani, poi da Clemente XIV (1769 - 1774) infine da Pio XI (1922-1939) che lo ricostruì quasi completamente, lasciando intatta solo la facciata. All'interno alcune sale sono decorate da preziosi affreschi, fra queste: la Sala degli Svizzeri, dei Palafrenieri, del Trono e la Cappella Papale ad opera degli Zuccari. Dal 1936 ospita la Specola Vaticana fondata da Gregorio XIII (1572-1585), che in passato era uno dei migliori osservatori astronomici d'Europa ma ora le lenti sono state trasportate, per motivi di inquinamento luminoso, negli Stati Uniti.
Di notevole pregio i giardini del complesso, ampliati da quelli della Villa Barberini, che si estendono sui resti di quella che era la proprietà di Domiziano, di cui si conservano, oltre ad alcuni ninfei, un piccolo teatro e tre cisterne e una serie di grandi terrazzamenti costruiti per regolarizzare il pendio, fra cui un gigantesco criptoportico lungo più di 100 m. con il soffitto a volta decorato da lacunari e stucchi. Nei pressi di una delle uscite della villa pontificia è collocata una statua equestre di marmo, rappresentante forse lo stesso Domiziano, qui ritrovata.
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