La chiesa è preceduta da un portico con colonne di travertino e presenta una facciata decorata da un rosone gotico risalente al XIII secolo, mentre a destra si eleva un alto campanile decorato da marmi policromi e bacili di maiolica; prima di entrare all'interno si passa nel nartece in cui è posto un fonte battesimale di marmo, risalente alla prima fase della Basilica, decorato da scene inerenti al battesimo. Coevi ad esso sono: la porta di accesso, forse proveniente da una delle chiese di Tuscolo, con battenti in legno di cedro, e il mosaico con Cristo in trono fra la Madonna e S. Giovanni Battista soprastante l'entrata. L'interno, diviso in tre navate, è il risultato dei numerosi interventi che si sono succeduti nel corso dei secoli e che ne hanno chiaramente modificato l'aspetto originario. Della decorazione originale sussiste ancora il mosaico sull'arco absidale, che rappresenta la scena della Pentecoste con i dodici apostoli disposti ai lati di un trono, in cui è rappresentato l'Agnello divino.

Ad una fase successiva appartengono, invece, i resti di un ciclo di affreschi con temi sacri, fra cui la Trinità, conservati però solo in parte. Grandi trasformazioni avvennero nel XVI secolo, con i commendatari Farnese; fu costruito il soffitto a cassettoni e fu rinnovata completamente la cappella sul lato destro della chiesa, affidando l'incarico a Domenico Zampieri detto il Domenichino. L'interno è decorato con storie riguardanti S. Nilo e S. Bartolomeo e, sull'altare, una tela di Annibale Carracci rappresenta la Madonna col bambino tra S. Nilo e S.Bartolomeo.

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