Dedicata a S. Clemente Papa (88 – 97 ?), di origini paleocristiane, fu costruita forse sulle rovine di un tempio pagano; tra la fine del '200 e gli inizi del '300 fu quasi completamente rifatta, lo stesso accadrà alla metà del XVII secolo. La facciata è ornata da un portale opera di Traiano da Palestrina costruito agli inizi del '500. Formato da due lesene di marmo bianco decorate con bassorilievi rappresentanti gli arredi liturgici (un messale, una croce, una brocca per lavabo, una aspersorio) alternati a teste di cherubini, termina con un timpano triangolare con cornice ad ovuli.
L'interno, a tre navate, conserva molte opere pittoriche soprattutto del XVI secolo, mentre sono rimasti pochi frammenti degli affreschi medioevali che la decoravano. Il fonte battesimale è composto da un sarcofago di epoca romana rinvenuto secondo il Borgia, nel territorio di Velletri in località San Pietro. Interessante è anche la cripta romanica con il riutilizzo di colonne romane ed affreschi del XIII e XIV secolo. Questa piccola chiesa fu costruita nel XIII secolo per ospitare le reliquie dei Santi Ponzano ed Eleuterio.
Accanto all'edificio è il Museo Capitolare che conserva dipinti, oreficerie e paramenti sacri di varie epoche che vanno dal medioevo al XIX secolo; fra i più importanti sono: la "Croce Veliterna", reliquiario dell'XI - XII secolo e la "pianeta di Benedetto XI", opera della fine del XIII secolo finemente ricamata.
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